V úvode roka 2002 sa Vojenský kartografický ústav v Harmanci stal súkromnou spoločnosťou, keď ho v rámci privatizácie kúpila VKÚ, akciová spoločnosť, ktorú založilo päť bývalých manažérov štátnej firmy.

Privatizáciu finančne podporil obchodný partner podniku, rakúsky vydavateľ Freytag-Berndt und Ataria KG, ktorý manažérskej spoločnosti požičal časť prostriedkov, ktoré musela zaplatiť Fondu národného majetku SR. Na zvyšnú sumu firma získala úver.

V čase privatizácie podnik stále dodával výrobyk aj pre Armádu Slovenskej republiky, bolo to však už len 10% produkcie.

Od roku 2005 sa podnik postupne dostával do stále väčších ekonomických problémov. Výrazne utlmil kartografickú výrobu a sústredil sa na polygrafiu, teda prácu na tlačiarenských zákazkách. Situácia sa však napriek tomu zhoršila natoľko, že sa manažment napokon rozhodol požiadať o ochranu pred veriteľmi, takže od polovice júla 2011 do februára 2012 bola firma v reštrukturalizácii.

Novodobým medzníkom v živote značky VKÚ, Harmanec sa stal 26. október 2016, keď kartografickú časť akciovej spoločnosti kúpilo vydavateľstvo CBS spol, s.r.o., z Kynceľovej a založilo novú spoločnosť VKÚ Harmanec, s.r.o.

Do jeho vlastníctva prešla ochranná známka VKÚ pre kartografické produkty, špecializovaný kartografický softvér, hardvér a skladové zásoby nepredaných kartografických výrobkov.