V roku 1949 bola banskobystrická pobočka VZÚ ustanovená za samostatný subjekt s názvom 2. vojenský zemepisný ústav. Z Prahy boli postupne premiestňované jednotlivé pracoviská, ich technické vybavenie aj personálne obsadenie.

Pod vedením prvého veliteľa majora Jána Kováča sa vytvorila dočasná mapa štátu v mierke 1:50 000 na základe nový leteckých fotografií.

Práce boli v roku 1950 pozastavené, pretože s náročným riadením a nedostatkom kresličov mali výsledky nevyhovujúcu kvalitu.

S odhodlaním zaúčal do grafického povolania bývalých drevorubačov a hľadal mladé dievčatá, z ktorých by sa mohli stať kresličky v kartoreprodukcii.

V roku 1951 pripravilo topografické oddelenie Generálneho štábu Československej armády celkovú reorganizáciu vojenskej zemepisnej služby.

Jedno z najdôležitejších rozhodnutí bolo prerozdelenie VZÚ na 3 ústavy.

• VZÚ v Prahe bol určený na kartografickú výrobu a tlač topografických, malomierkových a špeciálnych máp, vojensko-geografický prieskum a priame za bezpečovanie kartografických a polygrafických potrieb generálneho štábu.
• VZÚ v Dobruške  (východné Čechy) mal na starosti úlohy vojenského mapovania, fotogrametrie, geodézie, geofyziky a leteckého fotografovania.
• VZÚ v Banskej Bystrici bol nosnou kartografickou a polygrafickou kapacitou topografickej služby Československej armády, kde sa tvorili topografické aj reliéfne mapy, no tiež rôzne druhy vojenských tlačovín.

Názvy sa v nasledujúcich rokoch menili. Z 2. vojenského kartografického ústavu cez Vojenský kartografický ústav, Banská Bystrica až po Vojenský kartografický ústav, Harmanec.