Z pražského Vojenského zemepisného ústavu odchádzali dôstojníci a poddôstojníci slovenskej národnosti. V roku 1939 vytvorili v Banskej Bystrici topografickú skupinu, ktorá pripravovala založenie slovenského Vojenského zemepisného ústavu. Nachádzala sa na okraji parku pod Pamätníkom SNP v Banskej Bystrici.

Pod vedením kapitána M. Turzáka skupina vypracovala organizačnú štruktúru vojenskej zemepisnej služby a zacvičovala potrebných odborníkov. Avšak v roku 1940 bola skupina prevelená do Bratislavy, kde oficiálne vznikol 1. vojenský zemepisný ústav, Bratislava.

Medzi prvé úlohy VZÚ Bratislava patrilo spracovanie fotomáp území na moravsko-slovenskej hranici a úprav na južnej hranici s Maďarskom.

V malej miere pokračoval aj v mapovaní krajiny v rôznych mierkach a vytváral tematické mapy nielen pre armádu ale aj pre verejnosť.

Medzi zaujímavé kartografické diela patrí národnostná mapa Slovenskej republiky, etnografická mapa podunajských štátov a mapa Slovákov v Amerike. Zaujímavosťou je spracovanie automapy Slovenskej republiky či vydanie turistickej mapy Vysokých Tatier.

Pokračujúca vojna v Európe donútila uvažovať o premiestnení niektorých častí ústavu mimo Bratislavy. V roku 1944 pri bombardovaní hlavného mesta boli zasiahnuté Dunajské kasárne, kde práve zemepisný ústav sídlil. Potom sa už rýchlo rozhodlo o postupnom presťahovaní do Harmanca, v ktorom boli stále k dispozícii záložné objekty.

Do osudu slovenskej kartografie zasiahlo aj druhé bombardovanie. Práve počas prevozu materiálov vlakom z Bratislavy do Harmanca prišiel nálet na rafinériu Dubová-Nemecká, kde boli v tom čase odstavené vagóny s mapovými podkladmi.

Tak bolo zničené alebo stratené prakticky všetko. Mapové podklady a dokonca najvzácnejšie podklady pre farebnú tlač z 3. rakúskeho vojnového mapovania. 

Zostali len čiernobiele originály.